Sự phát hiện ra axit citric được cho là của nhà giả kim thuật người Iran trong thế kỷ VIII là Jabir Ibn Hayyan (Geber)[2][3][4]. Các học giả thời Trung cổ tại châu Âu cũng đã nhận thức về bản chất axit của các loại nước cam, chanh; những kiến thức như thế được ghi lại trong Bách khoa Toàn thư thế kỷ XIII Speculum Majus (Tấm gương Lớn), do Vincent of Beauvais[5] viết. Axit citric lần đầu tiên được Carl Wilhelm Scheele, một nhà hóa học người Thụy Điển, cô lập năm 1784, trong đó ông kết tinh nó từ nước chanh[6][7]. Sản xuất axit citric quy mô công nghiệp bắt đầu từ năm 1860, dựa trên ngành công nghiệp sản xuất các loại quả cam chanh của Italia.

Năm 1893, C. Wehmer phát hiện ra rằng nấm mốc Penicillium cũng có thể sản xuất ra axit citric từ đường. Tuy nhiên, sản xuất sinh học của axit citric đã không trở thành quan trọng về mặt công nghiệp cho tới tận khi Thế chiến I làm gián đoạn xuất khẩu cam chanh của Italia. Năm 1917, nhà hóa học thực phẩm người Mỹ là James Currie phát hiện ra rằng một số biến thể của nấm Aspergillus niger có thể là các nhà sản xuất axit citric có hiệu quả và Pfizer bắt đầu sản xuất ở quy mô công nghiệp bằng kỹ thuật này sau đó 2 năm, tiếp theo là Citrique Belge vào năm 1929.